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一、使用场景不同：
超声波破碎仪使用超高压能量来破碎细胞。与超声波清洗机相比，超声波细胞破碎仪的优点是：保持细胞活力，节省时间和减少样品损失，并且可以处理大量样品。因此，超声波细胞破碎仪的不断发展和改进，为规模化生产做出了相当大的贡献。
在工业应用中，利用超声波进行清洗、杀菌、雾化是一项非常成熟和广泛应用的技术。质点的加速度通常被计算为重力加速度的 2000 倍以上。在40℃-50℃的水温下采用超声波强化萃取，不会高温煮沸，不会破坏中药材中一些热不稳定、易水解或氧化的药用成分。
二、工作原理不同：
超声波破碎仪的工作原理是基于超声波在液体中的空化效应。换能器将变幅杆的电能在刀头顶部的液体中产生高强度的剪切力，形成高频交变水压，使腔体膨胀爆炸，粉碎细胞。另一方面，由于超声波在液体中的剧烈扰动，粒子产生很大的加速度，使它们相互碰撞或撞到设备的壁上而破碎。
超声波清洗机的工作原理是利用超声波发生器的横频信号，通过换能器将其转换成横频机械振动，传递给介质清洗液。强烈的超声波在清洗液中以密集相间的形式向被清洗物辐射，发生“空化”现象，即在清洗液中形成“气泡”。它迅速膨胀，然后突然关闭，产生1012-1013pa的压力和局部温度调节，使物体表面、孔洞和缝隙中的污垢分散、破碎、剥落，从而使物体得到净化和清洁。
虽然超声波破碎机和超声波清洗机都是使用超声波，但主要区别在于超声波细胞破碎机将所有能量集中在探头上，而超声波清洗机的能量均匀分布在清洗槽的底部。因此，超声波清洗机更倾向于脱气和清洗，而超声波设备更倾向于细胞破碎、乳化和均质。
