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超声波清洗机虽然应用广泛，但也离不开清洗剂的辅助作用。一般来说，超声波清洗机常用的清洗剂包括这两类：化学清洗剂(溶剂型清洗剂)和水基清洗剂。也就是说，超声波的机械和物理作用与超声波清洗剂的化学溶解和软化作用相结合，可以达到理想的清洗效果。
1、溶剂型清洗剂
有机溶剂清洗剂(超声波)→水基清洗剂(超声波)→城市水漂洗→纯水漂洗→IPA(异丙醇)脱水→IPA慢拉干燥。
溶剂型清洗剂的主要用途是清洗机械零件上的油渍。过去，溶剂型清洗剂多为三氯乙烯。由于三氯乙烯属于ODS(Ozone Depleting Substance)产品，处于强制淘汰阶段，长期使用三氯乙烯极易引发职业病，而且由于三氯乙烯极不稳定易水解成酸性，会腐蚀镜片和设备。对此，国内清洗剂生产企业逐渐开始研发生产不含ODS的环保型溶剂型清洗剂。
2、水基型清洗剂
水基清洗剂(超声波)→市水漂洗→水基清洗剂→市水漂洗→纯水漂洗→IPA脱水→IPA慢拉干燥。
使用水基清洗剂和溶剂型清洗剂主要的区别在于前两个清洗单元：溶剂型清洗剂不能用水稀释，不能清洗大型机械设备。水基清洁是不同的。无论是零件还是大型机械设备都能起到很好的清洗效果，大大降低了后续清洗单元中水基清洗剂的清洗压力。
水基清洗剂的缺点是长期使用可能会导致设备表面出现锈斑，对质量要求较高的设备和零件不建议使用。
